Asumió la presidencia de la República del Paraguay el domingo 28 de marzo a las 20:30 horas, en una ceremonia desarrollada en la sede del Congreso Nacional, jurando como Presidente Constitucional de la República ante el presidente de la Cámara de Diputados, escribano Walter Bower. Los atributos presidenciales le fueron impuestos por el doctor Wildo Rienzi Galeano, presidente de la Corte Suprema de Justicia.
Como Presidente, González Macchi intentó formar un Gobierno de coalición para motivar la cooperación dentro del Paraguay y reparar la economía que fue dañada por la crisis política. La coalición no duró mucho, debido a que el Partido Liberal Radical Auténtico abandonó la coalición en 2000, dejando al gobierno sin una mayoría en el Congreso. González Macchi se volvió muy impopular a causa de la grave crisis económica y encontró serios problemas en el congreso, porque pocos legisladores estaban dispuestos a votar a favor de los proyectos de ley que impulsaba el poder ejecutivo paraguayo.
El 19 de mayo de 2000, González Macchi debió enfrentar un intento de golpe de Estado, que – aunque fracasó – debilitó el poder del presidente. Al año siguiente, tuvo que encarar un intento de destitución en su contra por parte del Congreso Nacional. Esta iniciativa de los opositores falló al igual que el intento de golpe del año anterior. Pese a estar debilitado políticamente, fue capaz de mantener su gobierno hasta las elecciones del 2003, en las que triunfó Nicanor Duarte Frutos. González Macchi dejó finalmente el cargo el 15 de agosto de 2003.
Durante su gobierno, llegó a declarar dos veces el Estado de excepción, en mayo de 2000 (por un intento de golpe de Estado) y en julio de 2002 (debido a las severas manifestaciones por considerarle a González Macchi, un presidente ‘ilegítmo’).
